Desde un punto de vista microbiológico, tanto en el tratamiento antimicrobiano empírico como el dirigido en la infección respiratoria se fundamenta en el perfil de sensibilidad de los microrganismos aislados y los posibles mecanismos de resistencia que puedan presentar. Estos últimos puedan variar en diferentes áreas geográficas según los perfiles de prescripción y los programas de vacunación. Los antibióticos betalactámicos, las fluoroquinolonas y los macrólidos son los antimicrobianos más empleados en la exacerbación de la enfermedad pulmonar obstructiva crónica y la neumonía adquirida en la comunidad. En su prescripción se deben tener en cuenta aspectos como la actividad intrínseca, el efecto bactericida y su capacidad para evitar el desarrollo de resistencias. Este último está relacionado con los parámetros PK/PD, la concentración preventiva de mutantes y la denominada ventana de selección. Mas reciente ha crecido en importancia el potencial impacto ecológico, no solo sobre la microbiota intestinal, sino también sobre la respiratoria. El mantenimiento del estado de eubiosis requiere el uso de antimicrobianos con bajo perfil de actuación sobre los microorganismos anaerobios. Con ellos se facilita la resiliencia de las poblaciones bacterianas que integran la microbiota, el estado de resistencia de colonización y se limita el daño colateral relacionado con la emergencia de resistencia a los antimicrobianos en los patógenos que producen las infecciones y las poblaciones bacterianas que integran la microbiota.

From a microbiological point of view, both empirical and targeted antimicrobial treatment in respiratory infection is based on the sensitivity profile of isolated microorganisms and the possible resistance mechanisms that they may present. The latter may vary in different geographic areas according to prescription profiles and vaccination programs. Beta-lactam antibiotics, fluoroquinolones, and macrolides are the most commonly used antimicrobials during the exacerbations of chronic obstructive pulmonary disease and community-acquired pneumonia. In their prescription, different aspects such as intrinsic activity, bactericidal effect or their ability to prevent the development of resistance must be taken into account. The latter is related to the PK/PD parameters, the mutant prevention concentration and the so-called selection window. More recently, the potential ecological impact has grown in importance, not only on the intestinal microbiota, but also on the respiratory one. Maintaining the state of eubiosis requires the use of antimicrobials with a low profile of action on anaerobic bacteria. With their use, the resilience of the bacterial populations belonging to the microbiota, the state of resistance of colonization and the collateral damage related to the emergence of resistance to the antimicrobials in pathogens causing the infections and in the bacterial populations integrating the microbiota.