Comparación de tres métodos genotípicos para la detección de resistencia del VIH-1 a los antirretrovirales

Comparación de tres métodos genotípicos para la detección de resistencia del VIH-1 a los antirretrovirales

A. Suárez¹, J. Picazo¹, R. Alonso², E. Bouza², R. Delgado³, A. Rodríguez-Noriega³, A. Bernal⁴ y A. García^4
1Hospital Clínico San Carlos, Madrid; ²Hospital General Universitario Gregorio Marañón, Madrid; ³Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid; ⁴Centro Nacional de Microbiología, Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda, Madrid

RESUMEN

Con la aparición de nuevos antirretrovirales ha mejorado considerablemente la expectativa de vida de los pacientes infectados por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), pero mutaciones en la región que codifica la transcriptasa inversa (TI) y la proteasa (P) del VIH-1 pueden producir fallos en el tratamiento, por lo cual los estudios de resistencia pueden ser de utilidad para la selección del tratamiento más eficaz. El objetivo de nuestro trabajo ha sido comparar tres métodos genotípicos de detección de resistencias para valorar cuál puede resultar más adecuado en el laboratorio. Se han estudiado un total de 90 pacientes tratados con antirretrovirales, mediante tres métodos diferentes: hibridación reversa que identifica la presencia de virus salvaje o mutante en 19 codones clave para las regiones de transcriptasa inversa y proteasa, InnoLiPA HIV-1 (Line Probe Assay, Innogenetics, Belgica), y dos de secuenciación, ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Perkin Elmer/Applied Biosystems, California) y TrueGene HIV-1 Genotyping System (Visible Genetics, Canada). Se detectaron 408 mutaciones por InnoLiPA, 572 por TrueGene y 721 por ViroSeq. La hibridación detectó un número significativamente superior de mutaciones primarias, asociadas con los grados de resistencia más altos (p <0.001). También la hibridación detectó un mayor número de mezclas de virus salvajes y mutantes. En general existe una elevada concordancia entre los tres métodos, si bien es superior entre los de secuenciación. Esta técnica identificó un mayor número de mutaciones, pero la hibridación presentó mayor sensibilidad en la detección de mutaciones primarias y poblaciones mixtas, siendo de fácil aplicación en los laboratorios clínicos, aunque para la detección de nuevas mutaciones implicadas en la resistencia es necesario el análisis secuencial.

Palabras clave: Mutaciones - VIH - Resistencia antirretroviral

Comparison of three genotyping methods for the detection of HIV-1 resistance to antiretroviral drugs

SUMMARY

Highly active antiretroviral therapy has dramatically improved the life expectancy of human immunodeficiency virus (HIV)-infected patients, but mutations in the HIV-1 reverse transcriptase (RT) and protease (P) genes confer drug failure. Evaluation of drug resistance genotyping in HIV-1 has proven to be useful for the selection of drug combinations with maximum antiretroviral activity. The aim of this study was to evaluate the optimal procedure to determine the resistance profile in the laboratory. Plasma from 90 antiretroviral-treated patients was analyzed by reverse hybridization, which identifies the presence of wild-types or mutations at the 19 key codons for protease and RT regions, and was compared with two other methods of direct cDNA sequencing. A total of 408 mutations were detected by InnoLiPA HIV-1, (Line Probe Assay, Innogenetics, Belgium), 572 by TrueGene HIV-1 Genotyping System (Visible Genetics, Canada), and 721 by ViroSeq HIV-1 Genotyping System (Perkin Elmer/Applied Biosystems, California). Hybridization detected a significantly higher number of primary mutations which are associated with a high level of drug resistance (p <0.001).Hybridization also detected a higher number of mixtures of wild-type and mutant viruses. There was a good concordance among the three methods, although it was higher between the two sequencing methods. Sequencing determines a higher number of mutations, but hybridization better identifies primary mutations correlated with a high level of drug resistance. Hybridization is more suitable for detecting mixed populations and is easier to implement in clinical laboratories but does not eliminate the need for sequence analysis for detection of drug-resistant HIV.

Key words: Mutations - HIV - Drug resistance

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