Identification of fungal clinical isolates by matrix-assisted laser desorption

Background. Recently, bacterial identification by MALDI-TOF MS has acquired a high relevance in terms of speed and reliability. Conventional mycological identification has some disadvantages: it is frequently slow, reliability is sometimes low, and an extensive experience is required. The risk population for fungal infections, and therefore their clinical significance has progressively increased in recent years.
Methods. 153 yeast and mould clinical isolates were analyzed by MALDI-TOF MS and conventional identification. When both methods were discrepant to the genus or species level, ITS-2 sequencing was performed.
Results. The correlation in yeasts identification between conventional identification methods and MALDI-TOF MS was extremely high (99.2% to the species level and 100% to the genus level). The only discrepancy was checked by ITS-2 sequencing and confirmed the MALDI-TOF identification. The correlation in moulds identification was more heterogeneous. 68.7% of the isolates showed correlation at least to the genus level and 40.6% to the species level. Therefore, the correlation between conventional identification and MALDI-TOF MS in fungal identification was, in whole, 87% to the species level, and 93.5% to the genus level.
Conclusions. Identification of fungi by MALDI-TOF MS is reliable and shows potential advantages over conventional identification methods.

Introducción. En los últimos años, la identificación bacteriana mediante espectrometría de masas (EM) MALDI-TOF ha adquirido progresivamente importancia, dada su rapidez y fiabilidad. La identificación micológica convencional tiene algunos inconvenientes, como son su lentitud, su baja fiabilidad en algunos casos, y el hecho de que para algunos procedimientos es imprescindible la intervención de personas con amplia experiencia. Sin embargo, la población de riesgo para infecciones fúngicas, y por tanto su importancia clínica, han aumentado en los últimos años.
Material y métodos. Se identificaron 153 aislamientos de hongos filamentosos y de levaduras mediante métodos convencionales y mediante EM MALDI-TOF. Cuando se dieron discrepancias entre ambos, éstas fueron dilucidadas mediante secuenciación del segmento ITS-2.
Resultados. La correlación entre los métodos convencionales y la EM MALDI-TOF para la identificación de levaduras fue muy alta (99,2% a nivel de especie y 100% al de género). La única discrepancia que debió ser comprobada mediante secuenciación, corroboró el resultado obtenido con la EM. La correlación fue más heterogénea en el caso de los hongos filamentosos. 68,7% de los aislamientos mostraron correlación al menos al nivel de género, y 40,6% al nivel de especie. En conjunto, la correlación entre identificación convencional y MALDI-TOF para la identificación de hongos fue del 87% al nivel de especie, y del 93,5% a nivel de género.
Conclusiones. La identificación de hongos mediante EM MALDI-TOF es fiable, y presenta ventajas potenciales con respecto a los métodos convencionales.