La profilaxis y el tratatimiento son las dos herramientas para reducir la mortalidad de la infección fúngica invasora (IFI). La profilaxis es, en la actualidad, una práctica estándar en la mayoríade los hospitales y la recomendación de las principales guías terapéuticas. Su principal limitación es la ausencia de actividad sobre los hongos filamentosos, por lo que, en los pacientes de alto riesgo para la IFI por este tipo de hongos, es necesario el empleo de antifúngicos de espectro extendido. Además de la profilaxis, la estrategia frente a la IFI debe incluir el tratamiento empírico, el anticipado y el dirigido (en monoterapia o combinado). En el empírico y anticipado es necesario tener en cuenta que hongos hay quecubrir y cuál es el espectro de los antifúngicos disponibles. En el dirigido de las infecciones por Candida spp, antes de la identificación de especie, hay que valorar una serie de factores dependientes del huésped (como la toma o no de fluconazol profiláctico) y de su clínica (como la evidencia o no de infección diseminada o criterios de sepsis grave). En cuanto a la aspergilosis invasora, el empleo de tratamiento combinado en primera línea debe valorarse en caso de afección del sistema nervioso central, fracaso respiratorio, criterios de sepsis grave y si hay lesión pulmonar extensa o cavitada.  

Prophylaxis and treatment constitute the basis for reducing the mortality due to IFI. Prophylaxis is currently the standard practice in most hospitals and is recommended by the principal guidelines. Fluconazole has proved to be useful to prevent and reduce the mortality due to yeast IFI in several contexts. Although its use has led to the emergence of some resistant strains of Candida, it has not been a generalized problem and the number of lives saved has been worth it. But its major disadvantage is the lack of impact on IFI by molds. So, in patients at high risk for IFI due to filamentous fungi, it is necessary the employ of extended spectrum drugs. For the empirical and preemptive approach, it is necessary to have in mind which fungi have to be covered and  the spectrum of the available antifungal agents. For the treatment of established infection by Candida spp., before the identification of species, we must consider different host (like the use or not of prophylactic fluconazole) and clinical factors (like the evidence or not of diseminated infection or severe sepsis). Primary combination of antifungal agents for the treatment of invasive aspergillosis has to be considered in cases of central nervous system disease, respiratory failure, serious sepsis,  and extensive or cavitated pulmonary lesions.