Introduction. The prevalence of Pneumocystis jirovecii colonization and its role in pulmonary disease remains unclear. PCR methods have shown an improved sensitivity in the detection of this fungus. It has been suggested that the PCR results be combined with another test such as IFA to create a diagnostic algorithm.
Material and methods. A multiplex nested-PCR procedure with a 16S rRNA gene as the internal amplification control was evaluated to determine the role of P. jirovecii in pulmonary disease.
Results. A 20% of the 199 bronchoalveolar lavage samples were PCR-positive, 13.5% samples were PCR-inhibited, and the rate of Pneumocystis-colonisation was 6.4%. The sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of the nested-PCR were 100%, 93%, 70% and 100%, respectively. The sensitivity of the nested-PCR was higher than the current “gold standard” immunofluorescence assay (IFA) (p< 0.0001). PCR-negative and PCR-positive patients did not show any clinical or radiological differences in the medical variables studied.
Conclusion. PCR could help the diagnosis of Pneumocystis pulmonary disease given the high negative predictive value of the technique. P. jirovecii DNA can frequently be detected in healthy population, so the analysis of the patient medical history is critical to make the correct clinical decision.

Introducción. La prevalencia de la colonización por Pneumocystis jirovecii y su papel en la enfermedad pulmonar sigue sin estar clara. Los métodos de PCR han demostrado una sensibilidad mejorada en la detección de este hongo.  Se ha sugerido que los resultados de PCR se combinen con otra prueba como IFA para crear un algoritmo de diagnóstico.
Material y métodos. Se evaluó una PCR múltiple anidado con el gen 16S rRNA como control interno de amplificación para determinar el papel de P. jirovecii en la enfermedad pulmonar.

Resultados. Un 20% de las 199 muestras de lavado broncoalveolar fueron positivas para PCR, 13,5% muestras fueron inhibidas por PCR, y la tasa de colonización por Pneumocystis fue de 6,4%. La sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo y valor predictivo negativo de la PCR fueron del 100%, 93%, 70% y 100%, respectivamente. La sensibilidad de la PCR fue mayor que el ensayo de inmunofluorescencia “gold-standard” (IFA) actual (p <0,0001). Los pacientes PCR-negativos y PCR-positivos no mostraron diferencias clínicas o radiológicas en las variables médicas estudiadas.
Conclusión. La PCR podría ayudar al diagnóstico de la enfermedad pulmonar por Pneumocystis dado el alto valor predictivo negativo de la técnica. El ADN de P. jirovecii se puede detectar con frecuencia en poblaciones sanas, por lo que el análisis del historial médico del paciente es fundamental para tomar la decisión clínica correcta.